Centre international de recherche sur les maladies diarrhéiques de Bangladesh (icddr,b)

Mission

icddr,b est une institution internationale de recherche et de formation traitant de questions démographiques en matière de santé. En collaboration avec ses partenaires venant d'’institutions universitaires et de recherche à travers le monde, le Centre, en plus de la recherche et la formation, offre des services cliniques à des milliers de patients.

Le Centre s'engage dans la prévention et le contrôle des principales maladies infectieuses qui sévissent au Bangladesh et dans d’autres pays en développement en privilégiant l’épidémiologie, la recherche clinique et de laboratoire, ainsi que l’évaluation de vaccins.

Organisation

Le Centre est constitué d'un effectif national et international, comprenant des scientifiques de la santé publique, scientifiques de laboratoire, cliniciens, nutritionnistes, épidémiologistes, démographes, spécialistes des sciences sociales et du comportement, informaticiens, experts en maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes, vaccinologues, etc.

Le laboratoire de mycobactériologie, l’une des unités de recherche les plus renommées de l’icddr,b, dispose d'appareils de précision permettant la réalisation de divers projets de recherche sur le diagnostic, la biologie moléculaire, l’immunologie et l’épidémiologie moléculaire de la tuberculose. Le laboratoire de mycobactériologie est équipé également d’une installation P2 pour laquelle une pression négative est assurée en permanence. Cette installation consiste en quatre enceintes de biosécurité de classe II conçues pour traiter des échantillons biologiques et maintenir les conditions de stérilités des cultures et des examens.

Le laboratoire principal (également équipé d'un P2) consiste en une salle de préparation des milieux, une salle de culture tissulaire, une salle pré-PCR, une salle PCR, une salle post-PCR, une salle de nettoyage et plusieurs bancs de travail.

Les tests habituels de dépistage de la tuberculose, également réalisés en laboratoire pour la recherche et à des fins commerciales, sont les suivants : bacilloscopie, cultures solides et liquides, tests phénotypiques de sensibilité aux médicaments, tests moléculaires et immunologiques avancés tels que GeneXpert (Xpert MTB/RIF, Xpert MTB/RIF Ultra, Xpert MTB/XDR), test d'hybridation inverse sur bandelette, test PCR, RT-PCR et QuantiFERON-TB Gold Plus, analyse de délétion, spoligotypage et analyse des unités répétitives dispersées sur le génome mycobactérien-répétitions en tandem à nombre variable (MIRU-VNTR), séquençage de nouvelle génération, etc.

Activités de recherche

Le groupe de recherche sur la tuberculose s'emploie à plusieurs projets visant une meilleure surveillance et prise de décision au sujet de la tuberculose, notamment :

• l’augmentation de la détection et du contrôle de la tuberculose pulmonaire dans plusieurs prisons.
• surveillance des MDR et XDR-TB, développement et évaluation d'outils rapides pour la détection de la résistance aux médicaments antituberculeux, application du séquençage de nouvelle génération ciblé (tNGS) pour la détection de la tuberculose multirésistante, dynamique de la transmission de la tuberculose multirésistante au Bangladesh.
• Diagnostic de la tuberculose chez l'enfant et évaluation du test Xpert Ultra à partir d'échantillons de selles pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire chez l'enfant.
• Amélioration de la détection et de la prise en charge des cas de tuberculose dans les zones urbaines en développant un modèle d'entreprise sociale.
• Mise en œuvre du GeneXpert dans différents contextes de programme.
• Étude de la métagénomique de la flore pulmonaire chez les patients atteints de tuberculose.
• Évaluation d'OMNIgene Sputum en tant que stabilisateur d'expectoration.
• Utilisation du Xpert Ultra pour la détection de la méningite tuberculeuse.
• Détection de biomarqueurs pour le diagnostic et le suivi du traitement antituberculeux.
• Définition du rôle de la concentration sérique des médicaments par rapport à leur IMC pour anticiper l'issue du traitement des formes graves de tuberculose.

Le personnel du laboratoire, composé de 25 personnes, traite chaque année plus de 10 000 échantillons différents pour la détection de la tuberculose et 1 000 tests de sensibilité aux médicaments. Plusieurs recherches opérationnelles menées dans le cadre de l'Alliance for Combating Tuberculosis in Bangladesh (ACTB), financée par l'USAID, portent sur la détermination du schéma de résistance à la tuberculose, le renforcement des capacités et la détection à l'échelle nationale de la tuberculose extrapulmonaire à l'aide du Xpert Ultra, l'évaluation de l'innocuité et de l'efficacité du nouveau schéma BPaL pour la tuberculose, la détermination de l'infection tuberculeuse latente chez les travailleurs de la santé.

Au sein du réseau GABRIEL, différents projets sont en cours :

• l'évaluation du diagnostic basé sur les biomarqueurs de la tuberculose pulmonaire et extrapulmonaire chez l'enfant (DEDICATE : blooD-basEd DIagnostiC of pAucibacillary Tb in bangladEsh study).
• la caractérisation phénotypique et génotypique des souches de bacille de Koch résistantes à l'isoniazide à partir d'isolats cliniques au Bangladesh, au Cameroun et au Liban.

Les projets antérieurs comprenaient :

• l'évaluation du test QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus) et de l'hémagglutinine liée à l'héparine (HBHA), un outil d'aide pour surveiller l'efficacité du traitement antituberculeux.
• l'épidémiologie moléculaire de la tuberculose pour comprendre la dynamique de transmission de la tuberculose sensible et résistante aux médicaments chez les prisonniers en mettant en œuvre une approche MIRU-VNTR automatisée à haut débit, le spoligotypage et le séquençage de l'ensemble du génome.