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Une nouvelle étude collaborative a été mise en place par Ideshi et le CML  afin d'approfondir notre compréhension des infections respiratoires (IRA) en cartographiant le microbiome et en identifiant les facteurs microbiens liés à la sévérité des IRA au Bangladesh. 

Les infections respiratoires aiguës (IRA) demeurent l'une des principales causes de morbidité et de mortalité dans le monde, imposant un lourd fardeau sanitaire, en particulier dans les pays à revenu faible ou intermédiaire. Malgré leur forte prévalence, notre compréhension du microbiome des voies respiratoires supérieures, la communauté de micro-organismes colonisant les voies respiratoires, de l'émergence de nouveaux variants et de leur influence sur la susceptibilité et la gravité des maladies reste limitée. 

Pour combler cette lacune, nous avons lancé une étude collaborative visant à caractériser de manière approfondie le microbiome respiratoire chez les patients atteints d'IRA ainsi que dans une population saine (sans aucun signe ou symptôme d'IRA), en utilisant une approche de métagénomique shotgun. L'objectif de cette recherche est d'identifier les profils microbiens associés au risque et à la progression de la maladie, ce qui pourrait, à terme, orienter les stratégies de santé publique et améliorer la gestion des IRA. 

Les objectifs principaux de cette étude collaborative sont d'évaluer la diversité, la composition et l'abondance des pathogènes respiratoires et des microbes commensaux chez les patients atteints d'IRA comparés aux individus sains ; d'identifier des signatures microbiennes associées à la gravité et à la progression de la maladie ; d'étudier l'émergence de pathogènes respiratoires nouveaux ou réémergents dans le contexte post-pandémique. 

La pandémie de COVID-19 a mis en évidence l'urgence de renforcer la surveillance des infections respiratoires et de mieux comprendre le rôle du microbiome dans la santé respiratoire. Les approches de diagnostic traditionnelles telles que la RT-PCR et les méthodes de culture, bien qu'efficaces pour détecter des agents pathogènes spécifiques, ne permettent pas de saisir l'ensemble du paysage microbien pouvant influencer l'évolution de la maladie. Grâce au séquençage métagénomique shotgun et à la détection ciblée de pathogènes, cette étude fournira des informations très précises sur la diversité des agents pathogènes, leur saisonnalité, et la détection de variants potentiellement nouveaux. 

Cette recherche permet d'approfondir notre compréhension des infections respiratoires en cartographiant le microbiome et en identifiant les facteurs microbiens liés à la sévérité des IRA. Les résultats orienteront les futures stratégies de préparation aux pandémies et de prise en charge des affections respiratoires, au Bangladesh et au-delà. En intégrant la surveillance du microbiome dans les programmes de santé publique, nous espérons améliorer la prise en charge des IRA et accroître la capacité de réponse aux futures menaces infectieuses respiratoires. 

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