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Le Centre d'Infectiologie Charles Mérieux de l'Université d'Antananarivo, à Madagascar, mène une nouvelle étude pour préciser l'étiologie bactérienne ou virale des infections respiratoires aiguës communautaires chez des patients hospitalisés. 

Une infection respiratoire est définie comme une affection bactérienne, virale, mycosique ou parasitaire touchant un tissu du système respiratoire. Les infections respiratoires causent plus de 4 millions de décès chaque année et constituent la principale cause de mortalité dans les pays en développement. La proportion de décès est particulièrement élevée dans les pays à faible revenu, en raison d'une prise en charge souvent inadéquate. La pneumonie est la principale infection respiratoire grave. Chaque année, la grippe entraîne des infections des voies respiratoires chez 5 à 15 % de la population mondiale et provoque une maladie grave chez 3 à 5 millions de personnes. L'OMS surveille de près certains virus respiratoires. 

Chez l'enfant, les infections respiratoires les plus fréquentes sont la bronchiolite du nourrisson et les pneumonies pédiatriques. À un stade précoce, les symptômes ne permettent pas de différencier les infections bactériennes des infections virales, ce qui entraîne souvent de mauvaises décisions thérapeutiques et une surconsommation d'antibiotiques. Dans la pratique courante et dans la plupart des laboratoires publics à Madagascar, le diagnostic biologique des infections respiratoires, notamment pour l'identification des agents étiologiques, reste encore inexistant. L'acquisition du système FilmArray® BioFire® Respiratory Panel 2.1 plus (RP2.1 plus) (BioFire Diagnostics, LLC, Utah, US), permettant la détection rapide par PCR multiplex des agents pathogènes, offrira un soutien essentiel au diagnostic et à la prise en charge appropriée des patients. 

L'objectif principal de l'étude est de préciser l'étiologie bactérienne ou virale des infections respiratoires aiguës communautaires chez les patients hospitalisés au Centre Hospitalier Universitaire Mère-Enfant Tsaralalàna (CHUMET).  

Les objectifs spécifiques sont : 

• Décrire les caractéristiques cliniques et démographiques des patients testés
• Identifier les agents respiratoires circulants, y compris le virus SARS-CoV-2
• Surveiller la circulation des germes responsables d'épidémies respiratoires

Cette étude a reçu l'autorisation du Comité d'Éthique de la Recherche Biomédicale du ministère de la Santé Publique de Madagascar. L'inclusion des cas, le prélèvement et la culture sont réalisés au CHUMET. Une partie des échantillons est ensuite acheminée vers le Laboratoire Rodolphe Mérieux du CICM pour les tests de détection multiplex utilisant le panel respiratoire du système FilmArray® BioFire®. 

Elle mettra en évidence l'importance de l'utilisation du panel respiratoire RP2.1 de FilmArray pour l'identification rapide, en quelques heures, des agents pathogènes responsables d'infections respiratoires. Elle contribuera également à améliorer la prise en charge des patients, notamment en optimisant l'usage des médicaments.